南美錐蟲病的診斷取決於感染是急性的，慢性的還是先天性的。
診斷急性恰加斯病
診斷恰加斯病的最佳時間是在疾病的急性階段，當時根除克氏錐蟲（T. cruzi）感染抗腫瘤藥物的機會最高。
不幸的是，這個機會往往被錯過。
這是因為由恰加斯病急性發作引起的症狀通常是輕微的，並不是特別驚人，所以患有急性查加斯的人通常不會尋求醫療幫助。
居住在流行地區的人們應該注意南美錐蟲病的潛在症狀 ，特別是如果他們注意到特別突出或持久的昆蟲叮咬，或者他們知道在他們地區爆發南美錐蟲病。 如果他們懷疑他們應該去看醫生。
至於醫生，重要的是他們仍然懷疑可能存在恰加斯病，然後進行必要的診斷測試。 在實際操作中，這種情況通常只發生在公認的本地暴發期間，當時開展了全社區篩查。
做出診斷
在恰加斯病的急性期，血液中的克氏錐蟲寄生蟲數量通常很高。 這可以通過在顯微鏡下檢查特製的血液樣本來進行Chagas的診斷。
然而，即使沒有給予治療，在頭90天后，血液中克氏錐蟲的數量迅速下降。 在這段時間之後，血液的顯微鏡檢查不再是診斷恰加斯病的可靠手段。 在恰加斯的慢性階段，顯微鏡測試幾乎沒有用。
除顯微鏡檢查外，實驗室血液檢測在診斷急性恰加斯病方面也是非常準確的。 這是通過聚合酶鍊式反應（PCR）檢測 ，檢測血液樣品中克氏錐蟲的DNA。 像顯微鏡檢測一樣，陽性PCR檢測表明克氏錐蟲生物體存在於血流中。
與急性查加斯病相關的症狀（如虛弱，發熱，喉嚨痛，皮疹和肌肉疼痛）很容易與感染性單核細胞增多症或急性HIV感染的症狀混淆。 因此，當生活在南美錐蟲病流行地區的人正在接受這些疾病的任何一種檢測時，通常也是檢測克氏錐蟲感染的好主意。
診斷慢性查加斯病
在慢性恰加斯病中，克氏錐蟲生物體通常不再存在於血流中，因此血液樣品的顯微測試幾乎總是陰性的，PCR檢測也是如此。
診斷慢性查加斯病通常依靠檢測身體製造的抗體來抵抗感染。 已經開發了許多測試來尋找克氏錐蟲的抗體，包括酶聯免疫吸附測定（ELISA）和免疫熒光抗體測定（IFA）。
這些抗體測試都不夠準確，無法自行使用，因此為了診斷慢性查加斯病，通常至少進行兩次不同的抗體測試 - 如果測試結果不同，則第三次測試作為打破平局。
同時，還應進行檢測以尋找與慢性南美錐蟲病有關的各種心臟和腸胃問題的其他潛在原因。 可以做到這一點的條件不幸很長，醫生必須在決定做什麼測試以及按照什麼順序決定做出很多臨床判斷。
診斷先天性錐蟲病
多達10％的感染克氏錐蟲的母親所生的嬰兒會發生急性恰加斯病 - 一種稱為先天性錐蟲病的疾病。 患有先天性錐蟲病的嬰兒接受抗腫瘤治療以預防慢性並發症是很重要的。
在母親來自疾病流行地區的新生兒中，應考慮到先天性錐蟲病的可能性。 產前檢查通常在生活在這些地區的孕婦中進行，然後可以對檢測結果為陽性的母親的嬰兒進行篩查。
嬰兒自己篩查先天性錐蟲病通常是在出生時用臍帶血PCR檢測或在出生後頭幾天內獲得的血液樣本進行。 如果已知母親對南美錐蟲病有積極作用，並且對嬰兒的初步篩查結果為陰性，則應在一兩個月後重複對嬰兒進行檢測。
>來源：
> Bern C，Martin DL，Gilman RH。 急性和先天性錐蟲病。 Adv Parasitol 2011; 75:19。
> Messenger LA，Gilman RH，Verastegui M等人。 改善特定環境下先天性錐蟲病的早期診斷。 Clin Infect Dis 2017; 65：268。