眼球的後段通過保持眼球的形狀，使鏡片保持在適當的位置，並且從眼睛後面的感光細胞引發對大腦的神經衝動起作用。
視網膜 ， 脈絡膜 （眼睛的血管層）和視神經包含大部分後段，在這些眼層中存在許多與HIV相關的病症 ，更常見於晚期HIV病。
後段病變主要表現為視網膜血管改變，多達50％至70％的HIV感染患者可見，有時可導致視網膜持續或急性損傷（稱為視網膜病變）。
其他與HIV相關的後段感染包括：
巨細胞病毒
鉅細胞病毒（CMV）是一種皰疹病毒，感染超過一半的成年人群體，很少在具有合格免疫系統的患者中表現出疾病（除偶爾具有單核細胞增多症樣症狀外）。 雖然它通常是從母親到嬰兒的圍產期通過，但它也可以通過性接觸在成年期傳播。 因此，男男性接觸者中CMV患病率約為90％，與艾滋病晚期患者相同。
CMV可以以多種方式呈現在眼睛中，儘管它最常見的是伴隨著視網膜有時令人虛弱的炎症，簡稱為視網膜炎。 這種疾病最常發生在CD4計數低於50個細胞/ mL的患者身上，並表現出從浮游物感知到視覺喪失乃至失明的症狀。
一旦在視網膜上發現CMV病變，它們通常可在數週內快速進展。 如果沒有醫學乾預，病變可以離心進行（從中心向外擴張），視力減弱，有時導致視力完全喪失。 雖然CMV視網膜炎通常呈雙側（雙眼），但也可單側呈現（單眼）。
纈更昔洛韋被認為是治療CMV視網膜炎的首選藥物，在誘導期內口服給藥，每日兩次，隨後在維持期內每日服用一次。 更昔洛韋也可以開處方，但靜脈注射，而不是口服，約21天。
或者，玻璃體內更昔洛韋植入物 - 從字面上看，直接遞送到感染部位的微量注射棒 - 有時會插入眼內。 通常用於CMV視網膜炎的更深層次的病例，它可以延長玻璃體液中持久的藥物濃度（透明凝膠填充晶狀體和視網膜之間的空間）。
弓形蟲
弓形蟲是普通人群中視網膜脈絡膜炎（視網膜和/或脈絡膜感染）的最常見原因，在艾滋病毒感染者中是第二常見原因。
由原生動物寄生蟲弓形蟲引起的這種疾病每年在美國影響超過20萬人，並且通過圍產期或通過攝取受污染的肉來傳播。 通常與貓有關（儘管它存在於許多溫血動物中），與貓糞接觸也被認為是弓形蟲傳播的重要原因。
當弓形體病出現在眼中時，它表現為伴有玻璃體液炎症的黃白色至淺灰色病變。 鑑別通常可以通過眼科檢查進行，基於抗體的血液檢查可以提供血清學證實。
局部使用類固醇有時用於治療弓形體視網膜脈絡膜炎較輕的病例，而更嚴重的病例常常使用乙胺嘧啶，亞葉酸和磺胺嘧啶的組合。 對於艾滋病晚期患者，可能需要持續的慢性治療，通常使用甲氧芐氨嘧啶 - 磺胺甲噁唑，其組合通常具有良好的耐受性。
隱球菌
隱球菌病是由吸入空氣傳播的隱球菌新型隱孢子蟲孢子引起的感染，其通常可能與腦膜炎（圍繞大腦和脊髓的保護性膜有時危及生命的炎症）表現出來。 在嚴重的隱球菌性腦膜炎發作期間，尤其是伴有敗血症時，大多數眼部受累作為次要表現發展。
當疾病傳播（即擴散超過源感染）時，眼部感染可以通過中樞神經系統（CNS）通過視神經或通過血流傳播。
在檢查時，可以在脈絡膜和/或視網膜上發現多個黃色病灶。 如果不治療，感染向視神經組織傳播有時會導致視力喪失。
一般通過靜脈注射兩性黴素B和氟胞嘧啶來治療隱球菌性腦膜炎，這被認為是治療的選擇。 當疑似眼部受累時，也常常開具抗真菌藥物 。
結核
結核病（TB）往往不如其他艾滋病毒相關性眼病，但在有活動性肺結核的HIV患者中有時可見。 它傾向於在脈絡膜上表現為結節樣肉芽腫，並且可以表現出比其他HIV相關的後段感染更高的CD4計數（大於150個細胞/ mL）。 通常將抗結核藥物全身治療作為建議的療程。
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