關於患有腸易激綜合徵 （IBS）的最令人沮喪的事情之一是缺乏對該疾病原因的物理證明，使其看起來好像“一切都在你的頭上”。 在患有虛弱症狀並經歷各種測試後，患者經常被告知“沒有任何問題”或“只是壓力”。事實上，IBS被歸類為功能性胃腸道疾病，因為沒有可見的炎症或組織異常通過常規診斷測試看到。
然而，這並不一定意味著患有IBS的人沒有任何身體上的錯誤。 研究人員正在追求五個領域，其中IBS患者和不患IBS的人群之間可能存在差異。
動力
運動性是指消化道平滑肌的運動。 雖然研究沒有顯示一致的結果，但有證據表明，這種運動的速度在IBS個體的結腸和小腸中都改變了。 在一些患有腹瀉為主的IBS （IBS-D）的個體中觀察到比正常快的收縮，而在一些患有便秘為主的IBS （IBS-C）的個體中，肌肉運動速度太慢。
內臟超敏反應
內臟超敏反應是對身體內部器官的高度疼痛感。 研究表明，許多IBS患者在不同閾值水平的直腸疼痛比不患有該疾病的人患有疼痛。
據認為，這種疼痛感覺差異是腸道神經變得對刺激敏感的過程的結果。
腦 - 腸道連接
消化系統有自己的一種大腦，腸神經系統。 這個神經網絡指導消化過程，並且與大腦密切溝通。
這種相互作用在壓力反應期間看得最清楚。 有證據表明腸道和大腦之間相互作用的功能障礙可能是導致IBS症狀的運動障礙和內臟超敏反應的基礎。 這種功能障礙被認為與特定神經遞質水平的不平衡有關，這就是為什麼IBS患者在服用抗特定神經遞質的抗抑鬱藥時常常能夠緩解症狀。
炎
根據定義，IBS不會出現明顯的炎症。 這並不意味著炎症不一定涉及; 這只是意味著炎症在常規診斷測試中不可見。 有證據顯示，一些IBS患者在細胞水平上出現低度慢性炎症的可能性。 這種炎症被認為最有可能與其中腸胃炎發作之前發生IBS的病例相關聯，IBS被歸類為感染後IBS（IBS-PI） 。
腸道細菌
儘管不像聽起來那麼清楚，但腸道細菌的複雜性質在被歸類為好細菌（如益生菌 ）和壞細菌（與感染和炎症相關的細菌）時最容易理解。
關於腸道細菌的研究已經開始提供一些證據，證明某些IBS患者的細菌構成與那些沒有患病的患者之間存在差異。 作為IBS的促進因素，即小腸細菌過度生長 （SIBO），細菌在小腸中的作用受到了特別關注。